肝内囊性灶通常说明肝脏表面形成囊性病变，可能是由单纯性肝囊肿、多囊性肝病、肝包虫病、肝囊腺瘤等疾病所致，是否需要治疗可根据病因及其严重程度进行判断，具体如下：
该病多为先天性，通常是由于胚胎时期肝内胆管、淋巴管发育异常所致，轻度单纯性肝囊肿，患者无明显症状，通常不需要治疗，定期随访即可。重度单纯性肝囊肿，由于囊肿面积较大，可能压迫周围血管神经，造成明显症状，届时需要通过手术治疗。
多囊性肝病无论轻重，一经确诊，通常是需要治疗的。多囊性肝病早期可应用熊去氧胆酸胶囊、熊去氧胆酸软胶囊、熊去氧胆酸片等药物进行治疗。后期可考虑手术治疗，手术方式包括腹腔镜肝囊肿开窗术、肝部分切除术、肝移植手术等。
肝包虫病若早期未及时诊治，后期可引起一系列并发症，如囊肿破裂、肝脓肿等，严重者甚至危及生命，故通常需要尽早治疗。肝包虫病早期可应用阿苯达唑片、阿苯达唑颗粒、吡喹酮片等药物治疗，或者行手术治疗，手术方式包括肝包虫囊肿内囊摘除术、肝部分切除术等。
肝囊腺瘤具有一定恶变几率，因此一经确诊，即使无任何症状，亦必须完全切除，手术方式包括肝切除术或规则性肝切除术，无法切除者可在医生指导下应用氟尿嘧啶注射液、氟尿嘧啶氯化钠注射液、注射用盐酸表柔比星等化疗药物治疗。
