鼻咽癌的检查项目有体格检查、鼻咽喉检查及活检、EBV血清学检查、鼻咽部和颈部的磁共振检查、胸部CT、腹部B超。体格检查主要是检查十二对颅神经和颈部淋巴结。鼻咽喉检查及活检是用鼻咽镜，电子鼻咽镜进行检查。EBV血清学检查是可以作为鼻咽癌诊断的辅助指标。鼻咽部和颈部的磁共振检查可以确定肿瘤的位置、范围、及对邻近结构的侵犯情况，尤其是对脑组织、咽旁组织、肌肉组织的现象效果更好。胸部CT和腹部B超主要是看有无进行性转移。
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