新生儿总打喷嚏可能是生理性反射、呼吸道感染、过敏性鼻炎或者鼻腔发育异常等原因导致的，应根据病因采取不同的治疗方法。
一般母亲体内的环境与外界环境不一致，外界环境温度相对较低，抗原物质也有所不同，如果新生儿从母体的子宫分娩出来后不适应外界的环境，接触冷空气、油烟或者油漆味等，都可能会导致新生儿出现生理性反射打喷嚏的症状，大多不需要过度治疗，注意让宝宝远离刺激性的气体，注意保暖，严密观察新生儿的症状。
如果新生儿总打喷嚏并且还出现咳嗽、低烧的症状，可能是呼吸道感染导致的，一般可以根据主治医生的建议使用清开灵颗粒、蒲地蓝消炎片或者阿莫西林胶囊等药物治疗呼吸道感染，改善新生儿总打喷嚏的症状。
如果新生儿患有过敏性鼻炎，接触到一些过敏原，可能会出现总打喷嚏的症状，一般应远离花粉、灰尘以及海鲜等容易引起新生儿过敏反应的过敏原，或者在主治医生的指导下使用醋酸泼尼松片、醋酸地塞米松片或者氯雷他定片等药物改善过敏性鼻炎的症状，有效缓解新生儿总打喷嚏的症状。
如果新生儿先天鼻中隔偏曲、有鼻腔息肉等鼻腔发育异常的症状，都可能会导致总打喷嚏的症状出现，大多可以通过手术的方式改善鼻腔的性状，有利于缓解新生儿总打喷嚏的症状。
